Am 4. Juni 2009 und damit weniger als sechs Monate nach seinem Amtsantritt als Präsident der Vereinigten Staaten, setzte Barack Hussein Obama in seiner Rede "A New Beginning" an der Universität Kairo ein klares Signal: Die Obama-Administration bestand darauf, dass mindestens zehn Mitglieder der Muslimbruderschaft an der Veranstaltung teilnehmen durften. Die Einladungen gingen offiziell über die Universität, doch das Weisse Haus war an der Gästeliste beteiligt.
Diese frühe Öffnung gegenüber der islamofaschistischen Muslimbruderschaft war kein Zufall, sondern Teil der Strategie Obamas, Islamisten als legitime politische Partner zu behandeln – eine Linie, die sich später im Arabischen Frühling und der Haltung gegenüber der Mursi-Regierung fortsetzte. Während des Arabischen Frühlings setzte die Obama-Administration ihre Förderung der Muslimbrüder fort und behandelte sie als legitime politische Kraft. Nach dem Sturz Mubaraks unterstützte Washington den Prozess, der Mohammed Mursi von der Muslimbruderschaft 2012 an die Macht brachte, und engagierte sich auf diplomatischer Ebene für die islamistische Organisation.
Die ägyptische Feministin und Autorin Nawal El Saadawi (eine der bekanntesten Frauenrechtlerinnen der arabischen Welt und Gegnerin des politischen Islam) behauptete später, sie habe auf dem Tahrir-Platz gesehen, wie Hillary Clinton persönlich jungen Leuten US-Dollar aushändigte, damit diese die Muslimbrüder wählen. Die Aussage machte sie 2018 auf der Buchmesse in Göteborg; sie führte dies als Beleg dafür an, dass lokale und globale Kräfte zusammengearbeitet hätten, um die Bruderschaft an die Macht zu bringen.
Als das ägyptische Volk die Muslimbrüder stürzte, gab man sich in Washington kleinlaut. Am 3. Juli 2013, als das Militär unter Abdel Fattah al-Sisi Mohammed Mursi entmachtete und die Verfassung aussetzte, erklärte Obama noch am selben Tag, die USA seien "zutiefst besorgt" über die Entscheidung der ägyptischen Streitkräfte. Er forderte das Militär auf, die volle Macht "so schnell wie möglich" an eine demokratisch gewählte Zivilregierung zurückzugeben und willkürliche Verhaftungen von Mursi und seinen Anhängern zu vermeiden. Gleichzeitig liess er die US-Hilfe an Ägypten prüfen – ohne den Vorgang offiziell als Putsch zu bezeichnen, was eine automatische Einstellung der Militärhilfe ausgelöst hätte.
Der Support der Muslimbrüder durch Barack Hussein Obama beschränkte sich nicht auf das Ausland. Auch in den Vereinigten Staaten wurden entsprechende Personen und Organisationen unterstützt. So zeichnete das Weisse Haus die palästinensisch-amerikanische Aktivistin Linda Sarsour 2011 als "Champion of Change" aus. Sarsour, eine prominente Islamistin mit ideologischer Nähe zur Muslimbruderschaft, hat sich wiederholt für die Scharia ausgesprochen, sie als "vernünftig" und "missverstanden" bezeichnet und enge Verbindungen zu Organisationen und Personen gepflegt, die der MB-Ideologie zugerechnet werden. Kritiker und Medien wie Al-Arabiya verwiesen auf ihre Wurzeln und Aktivitäten im Umfeld der Bruderschaft sowie auf familiäre Verbindungen zu Hamas-Umfeld. Darüber hinaus unterhielt die Obama-Administration intensive Kontakte zur Council on American-Islamic Relations (CAIR), die als amerikanische Sektion bzw. Frontorganisation der Muslimbruderschaft gilt. CAIR wurde von führenden Mitgliedern des US-Muslimbruderschafts-Netzwerks (u. a. aus dem "Palestine Committee") gegründet, war im Holy-Land-Foundation-Prozess als unindicted co-conspirator gelistet und wies dokumentierte Verbindungen zu Hamas-Unterstützungskreisen auf. Trotzdem besuchten CAIR-Vertreter das Weisse Haus mehrfach – Berichten zufolge mindestens 20 Mal –, und ein Beamter sprach von Hunderten Beispielen von Treffen zwischen Behörden und der Organisation. Die FBI hatte zuvor die Zusammenarbeit mit CAIR wegen der Terrorfinanzierungs-Verbindungen eingestellt.
Auch beim Support für Abdul El-Sayed blieb Barack Hussein Obama seiner Linie treu und unterstützte einen Muslimbruder. El-Sayed, der frischgewählte Senator aus Michigan, hat Verbindungen zur Muslimbruderschaft, die von seiner eigenen Familie bestätigt wurden. Seine Halbschwester Eman Abdelhadi, Professorin an der University of Chicago, schrieb 2012 und 2013 offen über die MB-Nähe der Familie: "My family has long been MB", sie habe Familie, die für die Mitgliedschaft im Gefängnis sass, und sie habe mit ihrer (und El-Sayeds) Mutter über deren Aktivismus in der Muslimbruderschaft während ihres Studiums in den frühen 1970er-Jahren gesprochen. Sie betete sogar für ihre Familie, die die MB in Ägypten unterstützte. El-Sayed war ein Unterstützer des Muslimbruderschafts-Präsidenten Ägyptens Mursi und hatte auch lobende Worte für den Muslimbruderschaft-Ideologen Tariq Ramadan.